即使是规范使用，甲醇汽油也可能对车辆带来一定损害。生产甲醇汽油添加剂的南京巨澜新能源公司董事长吴家友告诉财新《新世纪》记者，汽油和水一样是中性的，而甲醇是有极性的有机物，不仅会造成金属腐蚀，还能将橡胶中的增塑剂抽提出来，让橡胶变得像豆腐渣一样，造成汽车橡胶部件的溶胀。

上海化工研究院罗勇也表示，当甲醇含量大于15%后，甲醇燃料的耐水性，对汽车发动机和油路系统的腐蚀性和溶胀性等问题尚未完全解决。

甲醇汽油被批评得多的是其毒性。甲醇具有较强挥发性，可经过口、呼吸道和皮肤，使人急性中毒，损害中枢神经系统和视觉。中国对职业环境规定的甲醇浓度限定为50毫克/立方米，比汽油的350毫克/立方米严格。

2003年，四川疾控中心对甲醇汽油的环境健康危害作过研究。他们认为，在正常无事故泄漏情况下，甲醇汽油排放的甲醇对大气质量没有明显影响。但从宏观上考虑，成千上万辆甲醇汽车所排放的甲醇，可对交警、环卫工人和其他人群健康构成威胁，因此催化净化技术和甲醇燃料汽车推广应同步进行。

降连保现在是中国石油(10.83,0.00,0.00%)和化学工业联合会醇醚燃料及醇醚清洁汽车专业委员会（下称醇醚专委会）的副秘书长。他说，对于甲醇汽油的心理障碍和认识偏见，是大规模应用甲醇汽油的阻力。山西省对示范运营的涉醇工作人员年年体检，尚未发现职业病案例。醇醚专委会在寻找案例，也没有找到。

与汽油车相比，甲醇燃料的尾气中二氧化碳、氮氧化物排放减少，但是致癌物甲醛的排放会增加。四川疾控中心研究显示，当掺入甲醇比例为15%时，甲醇、甲醛排放均比纯汽油车高出接近一倍。2008年，北京理工大学机动车尾气控制重点实验室的研究更是发现，比例工业甲醇燃料的醛酮非常规排放高于汽油车，其中，甲醛排放量约为汽油车的六倍。

有研究人员认为，净化技术可以在很大程度上解决甲醛排放问题。北京理工大学高力平告诉财新《新世纪》记者，2010年山西省和工信部再次委托其所在实验室测试。测试使用的是M85以上甲醇汽油，车辆的发动机供油系统进行了改造，并且加装针对甲醇排放物的尾气后处理装置，结果醛酮排放比烧汽油的普通车还低。当年2月，上海华普汽车也前来委托测试其M100甲醇车，结果是醛类排放量仅为0.8毫克/公里，远低于常规汽油车的3－4毫克/公里。

并不是所有人都认同甲醇汽油危害性不大的说法。环保部机动车排污监控中心一位负责人告诉财新《新世纪》记者，关于甲醇汽油对健康的影响还缺乏系统研究，卫生部也没有公开的说法。